Fue creado en 1926 por la Diputación Provincial de Santander. La primera sede fue en el edificio del actual instituto Santa Clara, pasando en 1941 a los bajos del Palacio de la Diputación de Santander, donde estuvo hasta hace pocos años. El Museo de Prehistoria y Arqueología de Cantabria tiene una gran importancia a nivel internacional para el estudio y contemplación de la prehistoria. Fue reformado casi al completo a principios del siglo XXI, mostrando desde finales del 2001  salas que mezclan antiguas exposiciones con materiales encontrados recientemente. La sede de este importante museo fue vagando de edificio en edificio hasta  que finalmente se construyó  en el aparcamiento del Palacio de Festivales junto a Gamazo en Agosto de 2016. La parte más importante del Museo de Prehistoria y arqueología de Cantabria  es la colección de arte mueble del Paleolítico superior, una de las más completas del mundo. Las muestras más antiguas que podemos encontrar tienen una antigüedad de 100.000 años, extraídos de le Cueva del Castillo.