La construcción del edificio comienza después de la desaparición de Marcelino y la aceptación por el Ayuntamiento de la singular colección de libros entre 1912 y 1915 cuando iniciaron las obras respetando el perímetro y forma del antiguo edificio.
La biblioteca es de estética historicista, con abundantes motivos herrerillos en la distribución de fachadas, y en la decoración de pirámides y bolas. Destaca en particular la fachada sur por dos cuerpos; en el inferior situada una escalera de doble tramo que confluye en el segundo piso, frente a la puerta principal; con un arco rebajado a juego con las cuatro ventanas que le flanquean. La puerta se remata con un cuerpo superior donde se encuentra el escudo de Santander.
La Biblioteca de Menéndez Pelayo está compuesta por 1.032 manuscritos y 17 legados de diferentes autores; 42.500 títulos impresos. Todos los libros fueron seleccionados por el propio Menéndez Pelayo que a través de la consulta, la lectura y el estudio de ellos, consiguió elaborar una vastísima obra de erudición.
El interior está dividido en tres naves situadas de este a oeste. La central es la más elevada, recibiendo la luz por una gran vidriera, en cuyo centro aparece el escudo real. Las fachadas este y oeste están iluminadas por otras dos vidrieras.
En el jardín encontramos una estatua realizada en mármol blanco por Mariano Benlliure en honor a Menéndez Pelayo, donde se localiza una placa con las primeras palabras del testamento, donde cede sus libros al ayuntamiento y da las gracias a Santander. La Biblioteca de Menéndez Pelayo se inaguró en el 1923.
Situada frente a la fachada posterior se localiza la casa familiar de él.
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